Las balizas del ERTMS, en caso de estar situadas más allá del punto de descarrilamiento, no hubieran servido para parar el tren. El 23 de junio del 2012 el ADIF aprobó a petición de Renfe la desconexión del sistema equivalente en el Alvia S-730, una decisión quizás más determinante, pues se superpone a la de modificar el proyecto original. César Mariñas Dávila despliega una amplia argumentación sobre este asunto en su informe de 55 páginas, pues entra de lleno en su área de conocimiento. Aunque asegura que la decisión de anular el sistema embarcado fue de carácter provisional y se tomó «diligentemente», recrimina al ADIF que no se tomaran medidas alternativas que compensaran lo que considera una «degradación en el nivel de seguridad». Además, esta decisión, afirma, tuvo importantes implicaciones y no consta «ningún análisis previo respecto a su alcance». Entre las medidas compensatorias cita las balizas de limitación temporal ASFA, que sí fueron instaladas después del accidente.
Mariñas Davila también llama la atención sobre el hecho de que, disponiendo de una solución por parte de Bombardier desde hace tiempo, hasta la fecha no se haya repuesto la operación comercial con ERTMS. Y cuestiona que se autorizara la desconexión «cuando no se conocía la naturaleza del problema». El perito coincide además con otros expertos en que el dispositivo embarcado podría haber evitado el accidente, pues obligaría al maquinista a reconocer en cinco segundos la transición al ASFA. En caso de no hacerlo, el tren se frenaría.
José Blanco, ministro de Fomento cuando se cambió el proyecto original en la línea de alta velocidad, en declaraciones a V Televisión, incidió en el ERTMS embarcado como un asunto determinante en el accidente.