Arribó a un Dépor herido, engullido por la promoción, a finales de 1997. Manteca, Abreu y su hermano Mauro (que nunca llegó a hacerse hueco en el Fabril) aterrizaron con él. Tenía 19 años, vitola de campeón mundial sub-20 y «ganas de comerme el césped», declaró al llegar.
Su debut fue esperpéntico. El peor equipo de la historia de Primera, el Sporting 97-98, visitaba Riazor; en el minuto 2 vio la roja Songo'o, y Corral sentó a Scaloni para meter a Rufai. Al acabar el duelo, ganado por el Dépor, interrogaron al fugaz debutante por su estado de ánimo: «Jodido, no he venido a robar la plata». Todo un carácter, Lionel.
A la temporada siguiente llegó Irureta, que apreciaba del argentino el efecto vitamínico que ejercía sobre el equipo, su capacidad para tirar del carro. Bajo la dirección del irundarra, Scaloni participó en los grandes hitos de la historia del club, como el título de Liga del 2000 (jugó 14 partidos aquella temporada) y el Centenariazo (fue titular en el Bernabéu). En la Champions tuvo una inolvidable cita a ciegas con el gol, frente al Hamburgo, en el partido que supuso la primera victoria del Dépor en la competición: «Cerré los ojos al golpearla», reconoció después. Aunque llegó a España con la intención de jugar como interior derecho, tal y como hacía en Argentina, pronto se vio abocado al lateral derecho, especialmente tras un portentoso marcaje a Denilson. Rindió en un puesto y en el otro, siempre apelando al sudor, superando sus limitaciones: «Me puedes decir de todo, hasta que soy un burro técnicamente», le llegó a decir a Caparrós.
Nueve temporadas de entrega al Deportivo, del que llegó a ser capitán, se zanjaron de mala manera. Primero, con el desprecio de Caparrós y una cesión en plena campaña (2005-2006) al West Ham. Volvió a la pretemporada siguiente, pero el sevillano seguía sin contar con él, así que se marchó libre y acabó en el Racing de Santander.
Referente de un sector de la afición por su anticeltismo («en el partido se verá quiénes son los pingos y quiénes los machos», dijo antes de un derbi ganado por el Dépor), de Scaloni se recuerda también su pánico a los aviones, hasta el punto de que en una ocasión hizo viajar a su padre desde A Coruña a Valencia en coche porque había sufrido tanto en el vuelo de ida que quiso regresar sobre cuatro ruedas. Sobre ruedas ha ido casi siempre su carrera. A sus 30 años puede presumir de haber jugado en España, Italia e Inglaterra, de haber disputado un Mundial (2006) y de haber alzado cuatro títulos (una Liga, una Copa y dos Supercopas, todos con el Dépor).