Fue en un partido frente a Liechtenstein disputado el 3 de septiembre del 2006
02 sep 2021 . Actualizado a las 21:08 h.2006: Borja Oubiña debutaba con la selección española siendo jugador del Celta hace quince años. Fue en un partido contra Liechtenstein por 4-0 con goles de Villa por partida doble, Fernando Torres y Luis García. El vigués salió en la segunda parte en sustitución de Albelda y disputó 22 minutos con el combinado que entonces dirigía Luis Aragonés. Era un partido clasificatorio para al Eurocopa del 2008 en la que se impondría precisamente el combinado español.
Según datos de Alberto Fernández, CeltaHistoria, Oubiña se convirtió en ese momento en el deimoctavo jugador celeste en debutar con España. Solo disputaría 45 minutos más, en un amistoso frente a Rumanía en noviembre del mismo año, pues las lesiones marcarían posteriormente su carrera cerrándole también las puertas de la selección.