El PP vasco fue siempre un referente para el ex presidente del Gobierno José María Aznar, que otorgó la máxima confianza para dirigirlo a Jaime Mayor Oreja. Este siguió controlando el partido en la sombra tras ser nombrado ministro de Interior en 1996. Primero a través de Carlos Iturgaiz y después con María San Gil, Mayor impuso un discurso frentista ante el nacionalismo y enarboló la tesis de la «tregua trampa» de ETA. En el 2001, Mayor abandonó el Ministerio de Interior para ser candidato a lendakari. Ya en el 2004, Iturgaiz, con un perfil político muy bajo, fue sustituido en la dirección del PP vasco por María San Gil, más popular y querida por la militancia, pero que no logró unos buenos resultados en las elecciones autonómicas. Tras apartarse temporalmente en el 2007 para tratarse de un cáncer, regresó cuando sus discrepancias con Rajoy eran ya evidentes.
La fractura actual en el PP vasco se inició cuando ese pulso entre Rajoy y San Gil a costa de como debía encarar el PP el final de la violencia de ETA y las relaciones con el nacionalismo terminó con el abandono de la política de María San Gil. Rajoy optó por una sustitución rápida en lugar de encarar un congreso del PP vasco y el elegido fue Antonio Basagoiti, que había sido colaborador de San Gil y al que un sector del partido y de las asociaciones de víctimas acusa desde entonces de traición. Basagoiti consiguió consolidarse con un nuevo discurso que, sin dejar de ser duro con el nacionalismo, marcaba una nueva línea menos dogmática.
El PP vasco fue decisivo para que el socialista Patxi López fuera lendakari, algo que tampoco perdonan algunos. Sin embargo, los malos resultados en las siguientes autonómicas hicieron que Basagoiti abandonara la política. Y de nuevo en Génova se optó por una sustitución rápida que impidiera a los críticos plantar cara a la dirección auspiciada por Madrid. La elegida fue Arantza Quiroga, que ha accedido sin embargo a celebrar un congreso en marzo con la intención de ser ratificada frente al sector crítico, que exige que no se reconozca a la izquierda abertzale como un actor político más en el País Vasco. Mayor y San Gil luchan ahora por plantar cara en ese congreso.