El traslado a la sede definitiva de la Agencia de Pesca en la ciudad tendrá que seguir aplazándose durante varios años. Se preveía ya en el 2008 que durante este año estaría culminada, en principio, la operación de traslado del edificio provisional actual a la Comandancia de Marina, en la calle del Areal, que sería su ubicación perpetua. La ubicación actual en la calle de García Barbón es fruto de un convenio de colaboración entre el Ministerio de Medio Ambiente, Medio Rural y Marino, con la Agencia de Pesca.
Las razones fundamentales para seguir demorando el cambio de sede son motivos económicos. «Como consecuencia de la crisis financiera -según Harm Koster- este edificio no estará disponible en los próximos años».
Las mismas fuentes recuerdan que en el acuerdo de sede firmado con España el 19 de julio del 2008, «se acordó que la Comandancia de Marina sería la sede oficial de la Agencia». La Comandancia de Marina, propiedad de Patrimonio del Estado y catalogado como edificio con un alto valor histórico, es el último inmueble militar que queda en la ciudad.
Es preciso señalar que la ubicación actual, en el conocido como edificio Odriozola (que se derrumbó y volvió a reconstruirse), fue reformado con cargo a los presupuestos del antiguo Ministerio de Pesca, con un presupuesto de más de cuatro millones de euros.