La iglesia fue levantada a finales del siglo XVI y destruida en torno a 1889, cuando se abrió la actual calle de Elduayen
23 ene 2022 . Actualizado a las 09:51 h.No se conoce a día de hoy una fotografía que nos muestre cómo era la capilla de la Misericordia. Hay pululando por Internet una fotografía relacionada con este edificio, pero está manipulada. Lo sabemos porque en ella aparecen elementos contradictorios, como la convivencia de las vías del tranvía y la iglesia, cuando esta última fue derribada en torno a 1889, y los tranvías comenzaron a funcionar en Vigo en 1914. Por no hablar de la orientación de la fachada de la iglesia, o de las casas que tenía delante y que impedían su visión desde la Porta do Sol.
Sí sabemos dónde estuvo ubicada. Distintos planos antiguos de Vigo la sitúan en la actual calle de Elduayen, en el tramo situado frente a las escaleras de la plaza de Argüelles. Los orígenes de esta capilla no están claros porque hay una diferencia de cien años entre la fecha indicada por el historiador José de Santiago y Francisco Ávila y la Cueva. El primero da la fecha en el siglo XV. Dice que en 1450 ya estaba levantada, pero no documenta su afirmación con ninguna referencia. El segundo, un historiador tudense que estudió durante el siglo XIX la historia eclesiástica de la diócesis de Tui, habla de finales del siglo XVI como punto de arranque.
También está claro que perteneció al gremio de los marineros de Vigo hasta la abolición de los gremios, momento en el que la iglesia pasará a manos del Obispado de Tui. Fue, precisamente, un obispo tudense, Diego de Torquemada, quien a finales del siglo XVI permitió a la cofradía de marineros construir la capilla, aunque les obligaba a elegir un lugar «honesto, decente y conveniente». En el momento en el que se construyó, Vigo carecía aún de murallas y cuando fue atacada la villa por Francis Drake, en 1589, la capilla también tuvo graves daños, como el resto de los edificios religiosos. Las crónicas de la época señalan que fueron destruidas las puertas y el retablo de la Misericordia por los ingleses.
En 1801 tuvo lugar una queja del gremio de marineros contra Norberto Velázquez Moreno debido a que el empresario tenía el único matadero que había en Vigo en una zona próxima a la iglesia, en el actual Casco Vello alto. El procurador del gremio planteó un pleito judicial contra el famoso comerciante debido a que la sangre de los animales que mataban sus empleados pasaba por delante de la puerta de la capilla. «No puede celebrarse el santo sacrificio de la misa a causa de el olor inmundo y pestífero de los despojos del citado matadero que llegan hasta más adelante de la iglesia colegiata de esta propia villa», decía el procurador José Iglesias. La situación se solucionó con el cambio de ubicación del matadero.
El momento de mayor protagonismo de la capilla de la Misericordia llegó cuando se derribó la antigua colegiata para la construcción de la actual concatedral de Santa María. Debido a que las obras se prolongaron durante casi dos décadas, el obispo habilitó la capilla como iglesia parroquia de Vigo. En 1814, Vigo tenía dos parroquias: la de Santa María, situada en lo que hoy en día conocemos como Casco Vello, y la de Santiago de Vigo, cuya iglesia estaba en las inmediaciones del centro comercial Plaza E. Así que los vigueses utilizaron este pequeño templo mientras no se acabó la obra de Melchor de Prado.
A través de los decretos de 1834 y 1836 quedaron abolidos en España los gremios profesionales. Con esta desaparición jurídica, los marineros ya no pudieron seguir protegiendo este lugar, por lo que el Concello de Vigo traspasó la propiedad de la Misericordia al Obispado de Tui.
Los últimos años de la capilla fueron de gran deterioro, hasta el punto que el propio gobierno local requirió la intervención del obispado para que afrontase los gastos de las reparaciones necesarias. No fue necesario. A partir de 1879, tras el derribo de las murallas, se inicia el expediente para la apertura de la Travesía de Vigo. Será la actual calle de Elduayen, que pretendía unir la carretera procedente de Pontevedra, a través de la calle García Barbón, y la carretera de Baiona. El proyecto implicaba el derribo de varias casas y la propia capilla de la Misericordia. Y eso fue lo que se hizo para abrir Elduayen.